Klinoptilolit, silikon-oksijen tetrahedron ve alüminyum-oksijen tetrahedronun sınırsız genişletilmiş üç boyutlu yapısından oluşan silikon, alüminyum, oksijen içerikli tetrahedradır.

Klinoptilolitin tetrahedral yapısında, silikon iyonlarının alüminyum iyonlarına yer değiştirmesinin neden olduğu negatif yük, zeolitin güçlü adsorpsiyon ve iyon değişim kapasitesine katkıda bulunan sodyum iyonları, potasyum iyonları, kalsiyum iyonları ve magnezyum iyonları ile düzenlenecektir.

Benzersiz yapısı ile klinoptilolit, iyonlara karşı çok güçlü adsorpsiyon kapasitesi sağlayan büyük iç özgül yüzey alanına sahiptir. Klinoptilolitin kanalları, daha küçük çaplı olanları absorbe edebilen ve iyonlara ve moleküllere seçici adsorpsiyon özelliği kazandıran daha büyük çaplıları hariç tutan benzer sabit boyutu paylaşır.